Der Einsatz einer Prothese kann für die Patientin unter Umständen einige Nachteile mit sich bringen. Zum einen muss berücksichtigt werden, dass eine Silikonprothese röntgendicht ist. Es kann somit eventuell neu auftretende Tumoren verdecken, sodass diese im Rahmen einer Mammographie nicht erkannt werden können. Silikon kann zudem bei empfindlichen Patientinnen zu allergischen Reaktionen führen und sich im schlimmsten Fall abkapseln (Kapselfibrose) und infizieren, sodass die Prothese wieder entfernt werden muss.
Bei der Verwendung von körpereigenem Gewebe entstehen hingegen keine Abstoßungsreaktionen. Auch bei diesen Methoden können jedoch Komplikationen auftreten. Besonders die so genannte TRAM-Flap-Technik, bei der Gewebe aus der Bauchdecke verwendet wird, ist ein langwieriger Eingriff, der bis zu 6 Stunden in Anspruch nehmen kann. Dabei entstehen vor allem am Bauch Narben, die die Gefahr von Bauchwandbrüchen (Hernien) in diesem Bereich erhöhen.
Muss das neu eingesetzte, körpereigene Gewebe an die Blutversorgung der Brustwand angeschlossen werden, besteht das Risiko einer Minderdurchblutung und einer gestörten Wundheilung. Besonders bei Diabetikerinnen und Raucherinnen ist die Gefahr für Komplikationen dieser Art erhöht.
Wie bei allen Operationen besteht auch bei der Brustrekonstruktion die Gefahr für Komplikationen bei der Narkose. Vor der Operation klärt ein Narkosearzt die Patientin über eventuelle Nebenwirkungen aller Medikamente auf, und spricht mit der Betroffenen über eventuelle Allergien und Vorerkrankungen.
Für Frauen, die sich nach einer Brustamputation gegen eine operative Wiederherstellung der Brust entscheiden, existieren auch so genannte äußerliche Prothesen, die von einer Reihe verschiedener Firmen in unterschiedlichen Größen und Formen angeboten werden. Betroffene Frauen können sich nach der Operation auch Prothesen je nach Größe und Hautfarbe individuell maßschneidern lassen.