Die Impfstoffe gegen HPV wirken nur vorbeugend. Das heißt, eine bereits bestehende Virusinfektion kann durch die Impfung nicht mehr beseitigt werden. Ebenso wenig können die Folgen der Infektion, wie beispielsweise der Gebärmutterhalskrebs mit der Impfung behandelt werden. Es ist jedoch noch nicht eindeutig geklärt, ob eine Impfung möglicherweise bei bereits infizierten Frauen die Virusmenge verringert und so das Krebsrisiko und die Gefahr chronischer Infektionen senkt.
Generell gilt der Impfstoff gegen HPV als sehr gut verträglich. Die häufigsten Nebenwirkungen, die bei mehr als zehn Prozent der geimpften Frauen auftreten, sind Hautreaktionen an der Einstichstelle, wie Rötungen, Schwellungen oder Druckschmerz. Auch eine vorübergehende Temperaturerhöhung wurde bei einigen der geimpften Frauen beobachtet. Nicht auszuschließen sind außerdem Übelkeit, Erbrechen, Schwindel oder Atembeschwerden nach der Impfung. In seltenen Fällen wurde auch von Ohnmachtsanfällen innerhalb eines Zeitraumes von 15 Minuten nach der Verabreichung des Impfstoffes berichtet.
Personen, bei denen im Vorfeld Allergien oder Überempfindlichkeitsreaktionen gegen Bestandteile des Impfstoffes bekannt sind, sollten nicht geimpft werden. Auch bei Menschen mit Blutgerinnungsstörungen ist Vorsicht geboten, da es an der Einstichstelle zu Blutungen kommen kann. Die Impfstoffe gegen HPV enthalten nur leere Virushüllen (Eiweiß) und kein Erbmaterial der Viren. Sie sind deshalb nicht in der Lage, HPV-Infektionen auszulösen.
Untersuchungen haben gezeigt, dass eine Impfung gegen HPV fast vollständig vor einer andauernden Infektion mit den humanen Papilloma-Viren 16 und 18 schützt, und damit auch der Entstehung von Zervixkarzinomen vorbeugt. Geimpfte Frauen sind also erheblich weniger durch Gebärmutterhalskrebs gefährdet, als ungeimpfte. Es konnte außerdem gezeigt werden, dass der Impfstoff Gardasil außerdem vor einer Infektion mit den HPV-Virustypen 6 und 11 schützt, die gutartige Genitalwarzen auslösen können.
Jedoch sollten Frauen auch nach der Impfung weiterhin regelmäßig zur Krebsfrüherkennungs-Untersuchung gehen, da das Zervixkarzinom in etwa 30 Prozent der Fälle auch durch andere HPV-Typen ausgelöst werden kann, die von der Impfung nicht erfasst werden. Somit besteht auch für Frauen, die die HPV-Impfung erhalten haben kein 100 prozentiger Schutz vor einer HPV-Infektion oder der Entstehung von Zervixkarziomen.
Eine effektive Maßnahme zur Vorbeugung vor HPV-Infektionen im Genitalereich ist die Verwendung von Kondomen beim Geschlechtsverkehr (safer sex). Dennoch garantiert ihre Anwendung keinen absoluten Schutz vor einer Ansteckung mit dem Virus. Mehrere Studien fanden außerdem ein geringeres Risiko für Gebärmutterhalskrebs bei Frauen, deren Partner beschnitten waren.
