Nur bei wenigen Frauen kommt es nach dem instrumentellen Abbruch der Schwangerschaft zu gesundheitlichen Komplikationen. In seltenen Fällen leiden die Patientinnen nach einer Absaugung unter Nachblutungen oder Entzündungen. Falls starke Blutungen, Schmerzen, Fieber über 38,5 °C oder schlecht riechender Ausfluss auftreten, sollte ein Arzt aufgesucht werden. Wenn eine Entzündung nicht schnell und vollständig behandelt wird, kann es zu einer Verklebung der Eileiter kommen. Dies könnte die spätere Fruchtbarkeit beeinträchtigen. Sehr selten kommt es zu einer Verletzung der Gebärmutter.
Bei einem medikamentösen Schwangerschaftsabbruch kann es zu Übelkeit, Erbrechen, Durchfall, Schmerzen und Blutungen kommen. In wenigen Fällen können Mifegyne und Prostaglandin nicht oder nicht ausreichend wirken, was einen weiteren Eingriff erforderlich machen kann. Nach einem Schwangerschaftsabbruch sollte die Patientin in jedem Fall auf ein sicheres Verhütungsmittel zurückgreifen. Verlief der Eingriff komplikationslos, können die Frauen danach auch wieder ganz normal schwanger werden.
Bei einigen Frauen treten allerdings nach dem Schwangerschaftsabbruch seelische Probleme auf. Vor allem, wenn der Schwangerschaftsabbruch auf Druck von außen und nicht auf eigenen Wunsch stattfand oder sich Frauen bezüglich ihres Kinderwunsches nicht ganz sicher sind. In diesem Fall sollten sich die Betroffenen an ihren Frauenarzt wenden, der ihnen auch Anschriften für eine psychologische Beratung vermitteln kann.